加强渔业资源调查评估和养护。健全渔业资源调查评估制度，加快建造渔业资源调查船，加强资源调查评估能力建设，完善监测评估体系。强化渔业资源环境常规调查评估，重点调查主要经济物种、珍稀濒危物种等重要渔业资源产卵、索饵、越冬场所和江河入海口、南海等重要渔业水域。
大力保护渔业水域生态环境。建立健全水域污染应急和调查处理机制，及时查明污染原因，科学评估渔业资源和渔业生产损失，依法对渔业水域污染事故进行调查处理。建立涉渔工程建设资源生态补偿机制，所有涉渔工程必须进行渔业水域资源生态损害和修复评估，明确补偿资金的收取、使用和监管，保障落实水生生物资源养护措施。
切实加强捕捞管理。坚持不懈地执行好海洋伏季休渔、长江和珠江禁渔期等渔业资源保护管理制度。坚持并完善渔船控制制度，逐步减少渔船数量和功率总量，减轻捕捞强度。加强渔船建造、检验、登记、捕捞许可等环节管理，渔业船网工具指标申请、渔船登记和捕捞许可申请要在渔船所有人户籍所在地进行，减少渔船异地挂靠现象，强化渔船属地管理责任。
科学发展水产健康养殖。实施水产养殖池塘标准化改造工程，用三年时间完成养殖池塘标准化改造2000万亩，建成一批池水深、基坚实、渠畅通、路成网、电到塘、机配齐的稳产高产水产健康养殖基地。深入开展水产健康养殖示范场创建。制定海水养殖规划，研究制定养殖容量约束性标准，推进近海养殖网箱标准化改造。
发展壮大外海和远洋渔业。有序开发外海渔业资源，鼓励发展南海深水区捕捞和“三沙”养殖，加强生产管理，保护生态环境。优化远洋渔业生产布局，发展壮大大洋性渔业，积极开发南极海洋生物资源，增强公海资源开发能力；巩固提高过洋性渔业，推动合作转型升级。