新农合支付方式改革，在通过推行按病种付费、按床日付费、按人头付费、总额预付等支付方式，进一步巩固完善新农合制度，增进新农合基金使用效益，提高参合人员的受益水平。
2012年已选取18个县作为贵州省级重点联系县，2013年将在50%的县实施支付方式改革，争取到2015年实现所有的统筹地区全面实施支付方式改革。
门诊总额预付是新农合经办机构与定点医疗机构在科学测算的基础上协商确定年度门诊费用预算总额的一种付费方式。预算总额用于购买乡(镇)、村级医疗卫生机构提供的一般性疾病门诊服务。原则上每年协商调整一次。
住院按床日付费是将所有住院疾病分为若干类，合理确定平均住院日，经过测算确定各类住院疾病不同床日段的床日付费标准，体现疾病诊疗每日临床活动及资源消耗情况，并按住院床日累计计算每例住院病人的付费额。按病种付费则是根据住院病人所患病种确定相应付费标准，包括患者从诊断入院到按出院标准出院期间所发生的各项费用支出，原则上不得另行收费。
