关于完善疫苗管理工作机制，《意见》提出，一是健全国家免疫规划疫苗调整机制，逐步推动将安全、有效、财政可负担的第二类疫苗纳入国家免疫规划。二是完善预防接种异常反应补偿机制，鼓励建立通过商业保险等形式对预防接种异常反应受种者予以补偿的机制。三是建立疫苗流通和预防接种管理部际联席会议制度，加强政策协调与衔接。
在促进疫苗自主研发和质量提升方面，《意见》提出，支持新型疫苗尤其是多联多价疫苗的研发和产业化，促进疫苗生产企业提高质量管理水平和规范生产能力，提升疫苗产品质量。
针对加强疫苗流通全过程管理，《意见》提出，一是规范疫苗集中采购工作，按照公开透明、竞争择优、公平交易的原则实行网上集中采购。二是加强疫苗冷链配送管理，建立健全疫苗冷链配送管理体系。三是加强疫苗生产、流通和使用全程追溯管理。四是加强疫苗监管能力建设。
在规范预防接种管理上，《意见》提出，一是加强第二类疫苗接种统筹管理。二是加强接种单位规范化建设，规范接种单位设置、人员资质、预防接种设施条件、冷链管理等。三是强化预防接种能力建设，加强医疗机构预防保健科室建设，落实预防接种等公共卫生职责。四是加强技术指导和考核评估。
为保障预防接种工作的顺利开展，《意见》要求，一是保障疾病预防控制机构人员编制。二是建立稳定的疾病预防控制机构投入机制，地方各级政府要足额安排疾病预防控制机构基本建设、设备购置特别是冷链系统和信息化建设等发展建设支出，科学合理核定其人员经费、公用经费和业务经费，足额列入预算。三是完善疾病预防控制机构绩效工资制度。四是完善预防接种相关价格政策，科学合理核定接种单位第二类疫苗接种服务费标准，尽快落实第二类疫苗储存运输费。五是加强预防接种宣传。
《意见》强调，省级人民政府要落实属地管理责任，加强组织领导，将预防接种等疾病预防控制工作情况、对疾病预防控制机构财政政策落实等情况纳入对下级人民政府考核内容。