日益严重的过度捕捞、水利工程建设、水域环境污染和挖沙的无序化，严重破坏了鱼类生存环境，由此，长江的水生生态系统面临崩溃的危险。
每年三个多月的禁渔期，并没有阻止长江流域内各种鱼类从数量到质量全面下降的趋势
中国水产科学研究院淡水渔业研究中心的一组数据说明了整个长江刀鱼的总体捕获情况：1973年长江沿岸江刀产量为3750吨，1983年为370吨左右，2002年的产量已不足百吨，2010年80吨，2011年12吨。“照这样的速度，最多5-10年，长江的刀鱼资源将会枯竭。”梁林坤悲观地摇了摇头。上世纪70年代末到90年代末，长江中下游捕捞量占全国的60%-65%，年均捕捞量从20×104吨迅速增长到150×104吨；上世纪90年代末至今，产量平稳波动，说明上升势头减缓，资源可持续发展受到威胁。
鱼类的基因在人工饲养过程中是不断，因此在鱼类的人工养殖过程中，必须不断补充野生的鱼卵资源进行繁殖饲养。基于鱼类基因的这种特性，如果野生鱼类资源受到破坏，影响将是一连串的，并且很难恢复。
水电工程建设、围湖造田、采砂作业、疏浚航道等人类活动，对水生生物资源的影响同样巨大。多年的研究显示，长江四大家鱼的繁殖需要一定的涨水过程，洪峰是四大家鱼繁殖的必要条件；三峡水库蓄水后，宜昌段的涨水时间、涨水次数较天然河道时有较大改变，而水温与水文变化，直接导致四大家鱼自然繁殖时间推迟与规模下降。
