国务院将组建国家食品药品监督管理总局。其主要职责，对生产、流通、消费环节的食品安全和药品的安全性、有效性实施统一监督管理等。原属食品安全办的职责、食品药品监管局的职责、质检总局的生产环节食品安全监督管理职责、工商总局的流通环节食品安全监督管理职责，以及工商行政管理、质量技术监督部门相应的食品安全监督管理队伍和检验检测机构均将整合并入。
为做好食品安全监督管理衔接，明确责任，方案提出，新组建的国家卫生和计划生育委员会负责食品安全风险评估和食品安全标准制定。
农业部负责农产品质量安全监督管理。原属商务部的生猪定点屠宰监督管理职责将划入农业部。
据商务部网站显示，目前商务部市场秩序司的第11项职能为“负责生猪屠宰管理工作”。
此前，生猪饲养、屠宰、肉品流通和质量监管等分属商务、卫生、农业、工商、食品、质量等多个部门管理，责任不清，执行力分散，此次调整或有助于类似“八个部门管不好一头猪”顽疾的解决。